Alex Munro reprend du service dans cette suite qui sert de transition entre les univers de Star Trek Voyager et Star Trek : The Next Generation. A bord de l'USS Enterprise, il faudra négocier avec les Klingons, les Romulans, les Andorians, des mercenaires et différentes autres races extra-terrestres parmis lesquelles se trouve de mystérieuses créatures. En bon Doom-like, Elite Force 2 conduira le joueur dans des décors très différents pour de grandes scènes d'action : intérieurs de vaisseaux, bases spatiales, marécages, terrains volcaniques et même des surfaces sans gravité. Abréger